De medezeggenschapsraad heeft als taak en wettelijk recht de belangen van leerlingen, personeelsleden en ouders zo goed mogelijk te behartigen. De Wet op Medezeggenschap Scholen regelt de inspraak op het schoolbeleid. In de wet is geregeld over welke voorstellen de medezeggenschapsraad instemmings- of adviesrecht heeft.
De medezeggenschapsraad bestaat uit ouders en leerkrachten.
De medezeggenschaposraad op St Sebastianus bestaat uit de volgende leden:
| voorzitter | Linda Kramer | ouder |
| notulist | Karin Schuffelen | leerkracht |
| lid | Tamara Doves | ouder |
| lid | Karin Rijnders | leerkracht |
| afgevaardigde GMR | Bernadette Dijkman | intern begeleider |
| adviseur | Batje van den Brink | directeur |